Das Unternehmen wurde als „Mainschiffahrts-Genossenschaft e.G.“ am 12. November 1916 als ein Zusammenschluss von 11 selbstständigen Schiffseignern gegründet. Anlass war die notwendige Bündelung von Transportkapazitäten, um als einheitlicher, qualifizierter und leistungsstarker Auftragnehmer für die damals vom Deutschen Reich ausgeschriebenen Transportaufträge akzeptiert zu werden.
Während das Unternehmen in den Anfangsjahren vorwiegend mit Schiffstransporten im Rhein- und Maingebiet aktiv war, hat sich sein Fahrgebiet in der Folgezeit auf ganz Europa ausgeweitet.
Durch Tochter- und Beteiligungsfirmen hat sich im Lauf der Jahrzehnte aus dem ursprünglich reinen Schifffahrtsunternehmen ein Unternehmensverbund entwickelt, der heute seinen Kunden eine breite Palette an logistischen (Dienst-)Leistungen anbietet.
Nach inzwischen über 90 Jahren erweist sich dabei das genossenschaftliche Prinzip der MSG, als Zusammenschluss selbstständiger Schifffahrtsunternehmer, auch im heute zunehmend internationaler werdenden Geschäft als Erfolgsmodell.